发酵工程采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能，为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程的一种新技术。发酵工程的内容包括菌种的选育培养基的配制、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等方面。

按照通气的情况，可以将发酵粗略地分为：


    1、需氧发酵：又称好氧性发酵，即在发酵过程中需要不断地通人一定量的无菌空气，如利用黑曲霉进行柠檬酸发酵、利用棒状杆菌进行谷氨酸发酵、利用黄单抱菌进行多糖发酵等等。

      
    2、微氧发酵：又称兼性发酵，酵母菌是兼性厌氧微生物，它在缺氧条件下进行厌气性发酵积累酒精，而在有氧即通气条件下则进行好氧性发酵，大量繁殖菌体细胞。
   
  
    3、厌氧发酵：在发酵时不需要供给空气，如乳酸杆菌引起的乳酸发酵、梭状芽抱杆菌引起的丙酮、丁醇发酵等。

    在固体发酵与液体发酵中，影响发酵的因素：如温度、pH、通风、搅拌、罐压力等等，必须适当地控制影响发酵的各种条件，掌握发酵的动态，并进行杂菌的检查和产物测定，使整个发酵过程顺利进行。
培养过程中不断进行搅拌目的：使培养液和菌种充分接触，提高原料的利用率；使空气形成细小的气泡，迅速溶解在培养液中。

    无菌要求：各种不同发酵过程，对空气无菌程度的要求也不同。酵母生产中无菌要求不十分严格，一般无需复杂的空所净化处理；因此对无菌空气的要求不如氨基酸、抗生素发酵那样严格。

    当下发酵工程却能很好的应用于生活当中，近几年来随着科技的迅速发展，抗生素的相关研究有了迅猛的发展，并且在临床当中利用发酵的方法大量生产并进行了广泛的应用。例如青霉素、土霉素、四环素、新霉素、红霉素等等，往往运用到肿瘤、抗病毒、抗真菌等相关的方向，对治疗老年痴呆、糖尿病，以及一些患有肥胖症的人群都有着明显的效果。

　　维生素作为我们身体的当中的六大营养元素之一，在人体当中所起到的作用是不言而喻的，当下利用发酵工程可以提取合成维生素C和E，它们有着抗氧化作用，能提高人体的免疫力，有抗癌的效果。发酵工程利于抗生素的合成，同时发酵工程也利于维生素类药物的生产。

　　发酵工程可以生产适应当下社会的可降解塑料，改善了资源的铺张浪费，解决了部分生活难题。

　　由于目前在垃圾分类和处理过程当中没有合理的治理，导致出现了非常严重的“白色污染”。利用发酵工程可以造出一种聚合羟基丁酸酯，这种塑料制品它属于微生物制品，不仅容易降解而且对人体没有任何伤害，甚至可以应用到医学领域当中，例如我们经常吃到的胶囊药丸。

　　提到安全，发酵工程可以生产食品添加剂，利用发酵工程可以生产日用当中的甜味剂、增香剂、香精、色素等。这种利用发酵工程技术发酵生产的食品添加剂，远比利用化学合成在植物当中进行萃取的成本要低很多，同时化学合成的添加剂，合成率低，周期也比较长，也对人体有伤害，因而发酵生产的食品添加已成为当下食品添加剂研究的方向。

　　发酵工程在传统产品当中的运用，在我们日常生活利用微生物进行的自然发酵的产品，例如啤酒，就是利用大麦和酒花发酵而成，在比如一些酒类的饮料，例如葡萄酒，就是用酵母菌发酵生成。在比如酸奶等产品，利用乳酸菌进行发酵而成，还有我们家用的一些调味品醋和酱等利用醋酸杆菌、曲菌、酵母菌等进行发酵加工而成。传统行业中对发酵工程极为重视，此处低压无油空压机也做了不少贡献。